首先，检查您的目录格式是否符合知网的要求，确保每一项内容都清晰明了。其次，尝试重新上传目录文件，或者手动调整目录格式。如果问题仍未解决，建议联系知网客服寻求帮助。记得在调整目录格式后重新进行查重操作。

另外，可以尝试将目录内容复制到文本编辑软件中，逐一核对每一项内容的格式是否正确。也可以尝试将目录内容导入其他查重软件中查看是否存在相似问题。总之，耐心检查和调整目录格式是解决知网查重目录格式不对问题的关键。